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Genetik

Einzelnukleotid-Polymorphismus (SNP)

ENSingle-nucleotide polymorphism (SNP)

Ein Einzelnukleotid-Polymorphismus (SNP, ausgesprochen wie englisch „snip") ist eine Keimbahnvariation an einer einzelnen Basenposition, an der zwei oder mehr Nukleotid-Allele mit über 1 % Häufigkeit in der Bevölkerung auftreten. Das menschliche Genom enthält schätzungsweise 4–5 Millionen häufige SNPs — im Mittel einen pro 500–1.000 Basenpaare — die in Großstudien mit Mikroarrays genotypisiert werden. SNPs bilden die wichtigste Marker-Klasse in genomweiten Assoziationsstudien (GWAS), bei denen Hunderttausende Varianten auf Zusammenhänge mit Krankheiten oder Phänotypen in Zehntausenden bis Hunderttausenden Teilnehmenden getestet werden — ein statistischer Scan, kein mechanistischer Kausalitätsnachweis. Da benachbarte SNPs im Kopplungsungleichgewicht (Linkage Disequilibrium, LD) stehen, kann ein einzelner Tag-SNP einen gesamten Haplotyp abdecken, was Genotypisierungskosten senkt — belegt durch die Phase-II-HapMap (Frazer et al., 2007). In der Altersforschung aggregieren häufige SNPs zu polygenen Risikoscores, die einen messbaren Anteil der Lebensspannenvarianz erklären; Yashin et al. (2012) identifizierten 27 SNPs mit konsistent additiven Effekten auf die Lebensspanne über unabhängige Kohorten, die auf Zellwachstums-, Apoptose- und weitere Signalwege hinweisen. SNPs unterscheiden sich von seltenen Varianten (Minorallel-Häufigkeit unter 1 %), die auf GWAS-Arrays weitgehend unsichtbar bleiben und besser durch Ganz-Genom- oder Exom-Sequenzierung erfasst werden; ob sie die nicht durch häufige SNPs erklärte Heritabilität („fehlende Heritabilität") ausmachen, ist noch offen.

Zuletzt geprüft:

Diese Definition dient der Aufklärung und ist keine medizinische Beratung, Diagnose oder Behandlung. Sprich bei gesundheitlichen Fragen mit einer Ärztin oder einem Arzt. Vollständigen Haftungsausschluss lesen

Quellen

  1. International HapMap Consortium, Frazer KA, et al.. (2007). A second generation human haplotype map of over 3.1 million SNPs. *Nature*doi:10.1038/nature06258
  2. Yashin AI, Wu D, Arbeev KG, Ukraintseva SV. (2012). Polygenic Effects of Common Single-Nucleotide Polymorphisms on Life Span: When Association Meets Causality. *Rejuvenation Research*doi:10.1089/rej.2011.1257
  3. Buniello A, MacArthur JAL, Cerezo M, et al.. (2019). The NHGRI-EBI GWAS Catalog of published genome-wide association studies, targeted arrays and summary statistics 2019. *Nucleic Acids Research*doi:10.1093/nar/gky1120